Le protocole de coordination constitue la base pour l'adaptation des fiches par installation du PSIA.
Dans les fiches par installation du PSIA, la Confédération fixe notamment le cadre de chaque installation en matière de construction et d'exploitation, et ce de manière contraignante pour les autorités. Cela implique que l'installation et son exploitation soient coordonnées, sous l'angle de l'aménagement du territoire, avec les exigences d'utilisation du sol et de protection prévalant dans les environs. La coordination doit être fondée sur un partenariat entre les services fédéraux concernés, les services cantonaux compétents, les communes et l'exploitant de l'aérodrome.
Le résultat de ces travaux est consigné dans un protocole de coordination. Celui-ci ne représente pas un instrument à caractère juridiquement contraignant.